В Петербурге представлены практически все протестантские течения, существующие в России. Наряду с лютеранами, которые в других регионах страны являются подчас единственной исторической протестантской конфессией, баптисты, евангельские христиане, реформаты и пятидесятники ведут свою историю ещё из дореволюционного Петербурга. В то время наиболее широко были представлены три традиции протестантизма — лютеранская, евангельско-христианская и пятидесятническая.

Евангелическо-Лютеранская церковь России (направление, основанное на высокоцерковной скандинавской традиции, отрицает женское священство, не приемлет однополые браки) — основной наследник исторического лютеранства. ЕЛЦ объединяет, в основном, лютеран Северо-Запада страны. Без лютеран сложно представить русскую науку и культуру — к примеру, учителем Ивана Фёдорова, первого русского книгопечатника, был датчанин Ганс Мессингейм, а словарь живого русского языка создал датчанин Владимир Даль. В XIX веке лютеране составляли почти четверть генералитета и губернаторского корпуса. Лютеранами были генерал Михаил Барклай-де-Толли, мореплаватели Беллинсгаузен, Крузенштерн, Беринг, художник Карл Брюллов и ювелир Петер Фаберже. Их численность росла за счёт присоединения новых земель в Прибалтике и переселения немцев из Германии при Екатерине II и Александре I. Евангелическо-Лютеранская церковь вновь объединяла приходы немецких лютеран и финские приходы Ингерманландии. Устав ЕЛЦ с 1832 года утверждал император: православный правитель являлся покровителем и лютеранства. В советский период лютеранство было фактически уничтожено, кроме отдельных подпольных общин. С 1990-х годов ситуация изменилась.

Наиболее близким к элите оказался дворянский евангелизм. Это было так называемое возрождение 1870-х, начавшееся в Петербурге, куда в 1874 году прибыл английский проповедник лорд Г. Редсток. Под его влиянием возникло движение пашковцев по главе с полковником В. А. Пашковым. Круг евангелистов-дворян включал в себя правнука Екатерины II, министра путей сообщения графа А. П. Бобринского, гофмейстера императорского двора графа М. М. Корфа, княгинь Н. Ф. Ливен и В. Ф. Гагарину, графиню Е. И. Шувалову и др.. В рамках конфликта дворян-евангелистов с православием и властью многие знатные евангельские деятели (в частности, Пашков и Корф) были высланы из России. Прямые наследники дореволюционного евангельского возрождения — баптисты и евангельские христиане. Пашков оказал большое влияние на ряд деятелей баптизма и евангельского христианства в России начала ХХ века, на таких проповедников как Н. И. Воронин, И. Г. Рябошапка, М. Т. Ратушный, В. Г. Павлов, Ф. Бедекер, И. Вилер, И. С. Проханов, И. В. Каргель, З. Захаров, П. М. Фризен, Я. Деляков. Поэтому баптистско-евангельские деятели с 1990-х годов популяризируют историю пашковцев через организацию Крещенских вечеров, а также проведение культурно-просветительского маршрута «Евангельский Петербург». Желающие могут побывать в домах Н. Ф. Ливен, В. Ф. Гагариной, В. А. Пашкова.

Среди пятидесятников не все ощущают связь с евангелизмом имперского периода. Хотя некоторые из них называют себя «просто евангельскими христианами» и готовы стать частью этой традиции. Например, в усадьбе Николаи «Монрепо» в Выборге проводятся музыкальные фестивали. А в здании кирхи, построенной Николаи в Выборге, располагается пятидесятническая община. Пятидесятники также были укоренены в Российской империи в рамках течения евангельских христиан в духе апостолов, наследник которого — церковь «Благая Весть». В 1910-е годы евангелисты А. И. Иванов, затем Н. П. Смородин создали общины в Выборге и в Гельсингфорсе (Хельсинки).

Методистские, реформатские церкви и Армия Спасения, также имеют богатое прошлое. До революции реформаты играли заметную роль в жизни Петербурга — их школы, училище славились высоким уровнем образования. В городе были французская и голландская реформатские церкви.

В Петербурге поиски идентичности российского протестантизма приобрели яркий характер в силу большого количества образованных пасторов и более естественного, чем в других регионах, обращения к истории. Стремление построить окологосударственную традицию было сделано в рамках концепции «Союза христиан», деятели которого указывали на новгородских еретиков — жидовствующих и стригольников — как на предшественников протестантов, а в исторической перспективе на борьбу византинизма (государственного православия) с евангелизмом (традицией живой проповеди, которая была и у ряда еретиков, и у православных святых). Теория о борьбе византинизма и евангелизма подчёркивает национальный характер протестантизма при отсутствии разработанного богословия и укоренённости на исторической территории православия: евангельский дух в российской истории прослеживается задолго до князя Владимира — в деятельности княгини Ольги и купцов, которые ещё до Крещения Руси в Новгороде, Киеве и других городах учреждали христианские собрания. После Крещения, формально христианизировавшего Русь, христианство во многом перестало быть свободным выбором, став политическим проектом. Евангельский дух очевиден в жизни Ярослава Мудрого и Сергия Радонежского; нестяжателей и московско-новгородских реформаторов; петербургской интеллигенции, ищущей живое Евангелие, и многих других подлинных христиан.

Петербург — уникальный город, где фактически каждая церковь проводит концерты, спектакли, устраивает выставки. Можно сказать, что протестантизм, прошедший репрессии, пришёл в чистое поле — основой миссии стала популярная культура, преодоление стереотипов о «сектах». Петербург уникален и тем, что здесь есть и участие в межконфессиональном диалоге, и уважение к другим традициям. Диалог с верующими ведут представители власти, лидеры конфессий общаются между собой, верующие и неверующие лишены страхов и стереотипов: перед ними храмы Невского проспекта и история города, где «неправославный» христианин всегда мог быть братом, другом, соседом, чиновником, членом Думы и предпринимателем.

У российского протестантизма разные источники происхождения — от лютеран, поселившихся в Московии при Иване Грозном, немцев, прибывших в Поволжье и Крым при Екатерине II, до миссионеров 1990-х и 2000-х годов. Однако полноправной частью российской общественной жизни протестанты стали именно в Петербурге.